โครงการ Rtu Textbook เป็นห้องเรียนระดับชั้นมัธยมศึกษาตอนปลาย ม. 4 - ม.6 มุ่งเน้นพัฒนาผู้เรียนให้มีความเชี่ยวชาญ เน้นการเรียนคณิตศาสตร์ วิทยาศาสตร์ โดยใช้ภาษาอังกฤษในการจัดการเรียนการสอน ส่งเสริมการค้นคว้างานวิจัยการทำโครงงานวิทยาศาสตร์และการนำเสนอโครงงานวิทยาศาสตร์ในรูปแบบโปสเตอร์และรูปแบบบรรยาย ทั้งภาคภาษาไทยและภาคภาษาอังกฤษ มีการจัดกิจกรรมการเรียนการสอนเสริมหลักสูตรด้านวิทยาการคำนวณ coding สามารถคิดค้นพัฒนาเลือกและใช้เทคโนโลยีต่างๆสร้างนวัตกรรมโดยเรียนรู้จากกระบวนการทำโครงงานให้มีความสามารถในการสืบเสาะหาความรู้ได้ด้วยตนเองอย่างเป็นระบบ

โครงการสอนสองภาษา เป็นโครงการที่จัดการเรียนการสอนในระดับชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 1 - 3 มุ่งพัฒนาให้ผู้เรียนมีความเป็นเลิศทางด้านภาษาอังกฤษสามารถใช้ทักษะการสื่อสารภาษาอังกฤษ เพื่อยกระดับสู่มาตรฐานสากลผ่านการเรียนรู้ 9 รายวิชาเป็น ภาคภาษาอังกฤษตามจุดประสงค์สาระการเรียนรู้ หลักสูตรที่กระทรวงศึกษาธิการกำหนด สอนโดยครูต่างชาติเจ้าของภาษา เน้นกระบวนการเรียนรูปแบบนักเรียนเป็นศูนย์กลาง โดยครูทำหน้าที่เป็นโค้ช ปลูกฝังให้ผู้เรียนกล้าคิดกล้าแสดงออก ควบคู่กับการส่งเสริมคุณธรรมจริยธรรม เพื่อพัฒนาผู้เรียนให้พร้อม เข้าสู่ศตวรรษที่ 21

โครงการความสามารถพิเศษ ศิลปะ ดนตรี กีฬา เป็นโครงการที่ส่งเสริมสนับสนุนฝึกฝน ต่อยอดในการพัฒนาศักยภาพของผู้เรียน โดยมุ่งเน้นทักษะการปฏิบัติด้านศิลปะ ดนตรี กีฬา ให้สามารถแสดงผลงาน เป็นที่ประจักษ์ต่อสาธารณชน ในการแข่งขันทักษะภายในและภายนอกสถานศึกษา สร้างชื่อเสียงให้กับตนเองและโรงเรียน สามารถศึกษาต่อในสถาบันการศึกษา ที่มีชื่อเสียงพร้อมพัฒนาทักษะการทำงาน ร่วมกับผู้อื่นมีจิตสาธารณะต่อสังคมมีคุณธรรม มีจิตสำนึกในการรักษาศิลปะวัฒนธรรม ห่างไกลสิ่งเสพติดและสามารถดำรงชีวิตในสังคมได้อย่างมีความสุข

โครงการโควต้าและทั่วไป มุ่งส่งเสริมพัฒนาให้ผู้เรียนมีศักยภาพด้านวิชาการ 8 กลุ่มสาระการเรียนรู้ ภาษาไทย คณิตศาสตร์ วิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี สังคมศึกษา ศาสนาและวัฒนธรรม การงานอาชีพ พลศึกษา ศิลปะ และ ภาษาอังกฤษ ปลูกฝังให้ผู้เรียนมีจิตสำนึกในความเป็นไทย มีระเบียบวินัย สนับสนุนความสามารถเฉพาะบุคคล สร้างความมั่นใจ และเตรียมความพร้อมในการแข่งขันระดับโรงเรียน ระดับเขตพื้นที่ ระดับจังหวัดระดับภูมิภาค

โครงการเตรียมความพร้อมทางวิชาการทหาร เป็นห้องเรียนระดับชั้นมัธยมศึกษาตอนต้นและระดับชั้นมัธยมศึกษาตอนปลาย มุ่งพัฒนาให้ผู้เรียนประสบผลสำเร็จมีความเป็นเลิศด้านวิชาการเพื่อพัฒนาด้านสติปัญญาให้เกิดองค์ความรู้พร้อมทั้งมุ่งส่งเสริมศักยภาพ ทางด้านร่างกาย เป็นการเตรียมการผู้เรียนให้มีความพร้อมที่จะเข้าศึกษาต่อ ในโรงเรียนนายร้อยพระจุลจอมเกล้าฯ โรงเรียนนายเรือ โรงเรียนในเรืออากาศ โรงเรียนนายร้อยตำรวจ โรงเรียนช่างฝีมือทหาร โรงเรียนนายสิบทหารบก ศูนย์ฝึกพาณิชย์นาวี และสถาบันระดับอุดมศึกษาต่างๆ

โครงการทุนพระเดชพระคุณหลวงพ่อพระพุทธวรญาณ ได้จัดการเรียนการสอนเพิ่มเติมจากหลักสูตรปกติ มีการเรียนเสริมพิเศษเน้นย้ำซ้ำทวนในทุกๆวันหลังเลิกเรียนและเรียนเสริมพิเศษ ในทุกๆวันเสาร์เพื่อให้นักเรียนได้มีความรู้ทางด้านวิชาการและทักษะกระบวนการเฉพาะด้านเพื่อนำไปใช้ในการศึกษาต่อในระดับสูงหรือนำไปใช้ในการประกอบอาชีพและการพัฒนาวิชาชีพของตน

โครงการ สอวน. เป็นห้องเรียนระดับชั้นมัธยมศึกษาตอนต้น มุ่งพัฒนาให้ผู้เรียน มีความเป็นเลิศด้านวิชาการเน้นการเรียนรายวิชาคณิตศาสตร์ วิทยาศาสตร์ (ฟิสิกส์ เคมี ชีววิทยา) อย่างเข้มข้นโดยทีมคณาจารย์ผู้เชี่ยวชาญพิเศษในแต่ละรายวิชา ส่งเสริมให้ผู้เรียนมีทักษะการใช้ภาษาอังกฤษ ฟัง พูด อ่าน เขียน ได้เป็นอย่างดี อีกทั้งยังเน้นกระบวนการเรียนรู้การทำโครงงานวิทยาศาสตร์ การทดลองวิทยาศาสตร์(Laboratory) นำไปสู่การนำเสนอโครงงานวิทยาศาสตร์ ในภาคบรรยายและโปสเตอร์เป็นภาษาไทย และภาษาอังกฤษ เพื่อให้ผู้เรียนฝึกใช้กระบวนการทางวิทยาศาสตร์ให้ได้รับการพัฒนาอย่างเต็มศักยภาพ มีทักษะการคิดระดับสูงด้านกระบวนการแก้ปัญหา การคิดอย่างมีวิจารณญาณและคิดอย่างสร้างสรรค์

โครงการอัจฉริยภาพทางวิชาการ เป็นห้องเรียนระดับชั้นมัธยมศึกษาตอนต้น (ม.๑ - ม.๓) มุ่งส่งเสริมให้ผู้เรียนมีความเป็นเลิศด้านวิชาการ ผู้เรียนมีความรู้ความสามารถ ในการค้นคว้าหาความรู้จากนอกห้องเรียน พร้อมต่อยอดความคิดของผู้เรียน โดยการเพิ่มเนื้อหาให้เข้มข้นขึ้นเพื่อผู้เรียนสามารถนำไปปรับใช้ได้ จัดกระบวนการเรียนการสอนตามหลักสูตร กระทรวงศึกษาธิการ โดยมุ่งเน้น 5 กลุ่มสาระวิชา เพื่อให้ผู้เรียนมีทักษะ กระบวนการทางด้านการคิด วิเคราะห์ จัดการเรียนการสอน โดยผู้เชี่ยวชาญพิเศษในสาขาวิชาต่างๆ เข้ามาสอนให้กับนักเรียนให้มีความสามารถพิเศษ ด้านคณิตศาสตร์ วิทยาศาสตร์ และภาษาอังกฤษ เพื่อให้ผู้เรียนได้รับการพัฒนาอย่างเต็มศักยภาพเป็นรายบุคคล ผู้เรียนสามารถสืบค้นข้อมูลศึกษาและเสนอผลการทำงานวิจัย (โครงงาน) เป็นภาคภาษาไทยและภาษาอังกฤษเพื่อนำเสนอโครงงานในงานประชุมวิชาการที่โรงเรียนจัดขึ้น